Cisco SCE

Cisco SCE интересное устройство. С точки зрения сети - это мост.

Что из себя представляет конфигурационный файл с расширением pqb, который, в том числе, можно изменять через SCA BB Console?

Обычный gzip'нутый XML. После разархивации файла pqb, его можно редактировать в текстовом редакторе, например, в vi, а после сохранения и архивации обратно в gzip, отправить в SCE.

Можно ли управлять Cisco SCE в пакетном режиме, если моей любимая операционная система отсутствует в списке разрешённых платформ?

Да, вы можете использовать мою любимую операционную систему - FreeBSD, поскольку для этой операционной системы есть Java.